Хотя первые публикации, в которых упоминается проблема разрешения противоречивых ситуаций, появились уже в 1980-1981 гг., началом рождения научной школы можно считать 1985, когда Николай Евгеньевич Веракса начал читать в стенах МПГИ им. Ленина спецкурс под названием "Принцип уподобления в психологии", где впервые последовательно применялись идеи формальной диалектики как метода анализа содержания. В это время появляются первые ученики - группа второкурсников, увлекшихся изложенными идеями.
В 1990 году Н.Е.Веракса переходит на факультет дошкольной психологии МГПИ им. Ленина, где вокруг него собирается группа молодых специалистов, осваивающих идеи структурно-диалектического подхода и разрабатывающие возможности его применения на практике. В 1991 г. Н.Е.Веракса защищает докторскую диссертацию на тему "Возникновение и развитие диалектического мышления у дошкольников", и уже с 1992 года начинается активная защита диссертаций по этой проблематике.
В начале 90-х начинается разработка идей диалектического обучения в детском саду и в школе: экспериментальные программы запускаются в детском саду №1602 (г.Москвы) и в школе №1716 "Эврика-Огонек". В 1994 году в "Вопросах психологии" опубликована статья о позиционном обучении, которое впоследствии легло в основу диалектического обучения взрослых.
Несмотря на то, что большое количество аспирантов и студентов включилось в деятельность научной школы на факультете дошкольной психологии, на следующий этап своего развития научная группа под руководством Н.Е.Вераксы переходит в старом составе: Ольга Шиян и Игорь Шиян, Евгений Крашенинников.
В 1997 году Н.Е.Веракса и несколько его учеников переходят на факультет педагогики и психологии МПГУ им.Ленина, и вскоре возле них образуется новая группа студентов, которая до сих пор участвует в деятельности научной школы: Ильин А.В., Рачкова Е.В., Горохов С.В., Белолуцкая А.К., Воробьева Е.В., Дубинина И.И.
В 2004 году завершается массовый переход на кафедру социальной психологии развития МГППУ, где Николай Евгеньевич Веракса занимает должность заведующего кафедрой. Активизируется научная жизнь школы, появляются новые публикации, возобновляются экспериментальные исследования, защищаются диссертации учеников, присоединившихся в конце 90-х.
C 2009 года Николай Евгеньевич - научный руководитель Учебно-исследовательского Центра воспитания и образования детей младшего возраста (ЮНЕСКО, Департамент образования г.Москвы).
C 2011 по 2015 год Н.Е.Веракса - декан факультета психологии образования Российского государственного гуманитарного университета. С 2016 года - научный руководитель научного направления "Когнитивное развитие" Института изучения детства, семьи и воспитания РАО.
В результате работ, выполненных Н.Е.Вераксой, его учениками и сотрудниками сложилось направление, которое получило название структурно-диалектической психологии (в рамках Московского отделения Российского психологического общества была создана секция структурно-диалектической психологии развития). Основной содержательной характеристикой направления является структурно-диалектический анализ различных психических явлений, суть которого состоит в выделении отношений противоположностей между единицами изучаемого явления и построении вариантов этих отношений, которые организуются в целостную структуру. Этот метод позволяет не только исследовать психическую деятельность детей и взрослых, но также социальные отношения и процессы развития в целом.
Особое место в рамках направления занимает математическое моделирование диалектических структур. Математические модели разрабатываются кандидатом физико-математических наук Сергеем Алексеевичем Зададаевым.